com.ibm.mq.MQException: MQJE001: Completion Code 1, Reason 2003

Este erro ocorre porque as logs do MQ atingem seu tamanho limite.
Isto pode ocorrer porque o tempo de transação da sua aplicação está muito grande, ou porque o tamanho da log realmente está pequeno.
Normalmente é o segundo caso. Então para resolver basta aumentar o tamanho da log do MQ.
Está configuração é feita direto na aplicação Websphere MQ.
Como funciona a transação no JBoss?
Se você está usando o JBoss para consumir mensagens de um servidor MQ, e está fazendo isso utilizando o StdJMSPool, o funcionamento é o seguinte:
Toda vez que uma mensagem chega no MQ, o JBoss "pega" uma sessão já aberta com o MQ e inicia a transação, após o termino do processamento a transação é finalizada. Desta forma podemos entender que o tempo de transação é o tempo de execução do método onMessage() do seu MDB.